Το αεροδρόμιο, που φέρει επίσημα το όνομα του Νίκου Καζαντζάκη, είναι το μεγαλύτερο της Κρήτης. Κατά τη θερινή περίοδο, εξυπηρετεί πολυάριθμες πτήσεις τσάρτερ, ενώ το υπόλοιπο του έτους εξυπηρετείται κυρίως από πτήσεις από την Αθήνα και άλλες ελληνικές πόλεις.

Με την πρώτη ματιά, το αεροδρόμιο του Ηρακλείου φαίνεται μάλλον παλιομοδίτικο και οι εγκαταστάσεις του δεν είναι πλέον πραγματικά κατάλληλες για σύγχρονες λειτουργίες.

Το 2017, ελήφθη η τελική απόφαση για την κατασκευή ενός νέου, σύγχρονου αεροδρομίου· η ημερομηνία ολοκλήρωσης έχει αναβληθεί επανειλημμένα και επί του παρόντος αναμένεται να ανοίξει στα τέλη του 2026 ή στις αρχές του 2027.

Για ταξίδια προς τη δυτική Κρήτη, το αεροδρόμιο των Χανίων αποτελεί μια βιώσιμη εναλλακτική λύση.

Από τον Απρίλιο έως τον Οκτώβριο, το αεροδρόμιο εξυπηρετεί πολλές αεροπορικές εταιρείες από όλη την Ευρώπη, με τακτικές και πτήσεις τσάρτερ που κατευθύνονται προς όλες τις γωνιές της ηπείρου.

Το πιο εκτεταμένο δίκτυο δρομολογίων από το Ηράκλειο εξυπηρετείται από τις ακόλουθες αεροπορικές εταιρείες:

• Aegean Airlines: συνδέσεις όλο το χρόνο, αρκετές φορές την ημέρα, προς την Αθήνα + καλοκαιρινές εποχιακές απευθείας πτήσεις προς ολόκληρη την Ευρώπη
• Sky Express: δρομολόγια όλο το χρόνο προς την Αθήνα, τη Θεσσαλονίκη και άλλα ελληνικά νησιά + εποχιακές απευθείας πτήσεις σε όλη την Ευρώπη κατά τη διάρκεια του καλοκαιριού
• Jet2.com: οι πιο συχνές πτήσεις προς πολλές βρετανικές πόλεις
• Eurowings: πτήσεις προς πολλές γερμανικές πόλεις
• Volotea: απευθείας πτήσεις προς την Αθήνα, την Ιταλία και τη Γαλλία
• TUI: εκτεταμένες συνδέσεις προς το Ηνωμένο Βασίλειο, τις Κάτω Χώρες, το Βέλγιο και τη Γερμανία
• easyJet: πτήσεις προς διάφορες πόλεις του Ηνωμένου Βασιλείου, τη Γαλλία και την Ελβετία
• Wizz Air: τακτικές πτήσεις προς την Ανατολική Ευρώπη
• Ryanair: σχετικά περιορισμένος αριθμός πτήσεων σε σύγκριση με άλλες εταιρείες, π.χ. προς το Μπέργκαμο, τη Βιέννη, το Βερολίνο ή τις Βρυξέλλες