Τα Χανιά διαθέτουν έναν μοναδικό, μικρό και μοντέρνο τερματικό σταθμό, στον οποίο είναι πολύ εύκολο να προσανατολιστεί κανείς. Οι αποστάσεις μέχρι τα αεροσκάφη είναι μικρές· κατά τη διάρκεια της θερινής περιόδου, αναμένεται μεγάλος συνωστισμός σε έναν σχετικά μικρό χώρο.

Δείτε ξενοδοχεία στα Χανιά

Το check-in για πτήσεις προς και από την περιοχή Σένγκεν πραγματοποιείται σε κοινό χώρο αναμονής. Οι επιβάτες διαχωρίζονται μόνο αφού περάσουν τον κοινό έλεγχο ασφαλείας· ορισμένες πύλες βρίσκονται μετά τον έλεγχο διαβατηρίων, ενώ άλλες όχι.

Τόσο η αίθουσα αναχωρήσεων όσο και η αίθουσα αφίξεων βρίσκονται στο ισόγειο.

Το αεροδρόμιο κλείνει μεταξύ της τελευταίας και της πρώτης άφιξης· οι ώρες λειτουργίας είναι συνήθως από τις 4:00 π.μ. έως τα μεσάνυχτα.