Το check-in στο αεροδρόμιο είναι δωρεάν και είναι διαθέσιμο 60-180 λεπτά πριν από την αναχώρηση.
Τοηλεκτρονικό check-in μπορεί να γίνει 3 έως 72 ώρες πριν από την αναχώρηση στον ιστότοπο της εταιρείας ή μέσω της εφαρμογής για κινητά της Pegasus Airlines. Επιπλέον, στο αεροδρόμιο της Κωνσταντινούπολης υπάρχουν κιόσκια αυτοεξυπηρέτησης.